سبب تسميته باسم مار موسى الحبشي أن القديس (الولي) موسى كان ابناً لملك من ملوك الحبشة ترك بلاده باحثاً عن ملكوت الله فهاجر إلى مصر وزار الأماكن المقدسة في فلسطين ثم ترهب في دير مار يعقوب بالقرب من بلدة قارة شمالي النبك إلا أنه رغب بعد ذلك بالمزيد من التوحيد فأتى إلى وادي الدير و أقام في إحدى المغر متنسكاً و في أثناء النزاعات المذهبية بين مسيحيي ذلك العهد استشهد الراهب موسى على يد جنود الإمبراطور وتدل الكتابات العربية على جدران الدير أن بناء الكنيسة الحالية يعود إلى سنة/ 1058/ للميلاد