منذ الأحداث الدامية التي وقعت في مدينة حماة السورية، في فبراير عام 1982م، وقضية الإخوان المسلمين في سوريا تطفو على السطح من آنٍ لآخر وقد أعاد الحديث بين سوريا وإسرائيل عن السلام، والتحسن النسبي الأخير في العلاقات الأردنية السورية هذه القضية إلى واجهة الأحداث من جديد، وذلك بسبب إيواء عمان لقيادات الجماعة وكثير من كوادرها.
وقد أسست جماعة الإخوان المسلمين في سوريا على يد الدكتور مصطفى السباعي عام 1945م، لتصبح امتداداً لجماعة الإخوان المسلمين التي أسسها الشيخ حسن البنا في مصر عام 28، وقد ظلت جماعة الإخوان المسلمين في سوريا تشارك في الحياة السياسية بأشكالها المختلفة حتى عام 62، حيث بدأت الجماعة بعدها تدخل في مواجهات وخلافات مع النظام الحاكم.
إلا أن العلاقة لم تدخل في طور المواجهة إلا بعد أحداث مدرسة المدفعية التي وقعت في حلب عام 79، ووصلت المواجهة بين الإخوان والحكومة ذروتها في أحداث حماة عام 82، حيث تمكنت الحكومة من سحق التمرد العسكري الذي وقع في حماة، ودمرت المدينة وقتل حوالي 20 ألف من الإخوان ومناصريهم،وتشتت الإخوان خارج البلاد، وأعتقل الآلاف ممن بقي منهم داخلها.
أما تعقيدات القضية من جانب الإخوان السوريين، فتتمثل في كونهم ربما التنظيم الوحيد من تنظيمات الإخوان المسلمين التي تنتشر في كثير من الأقطار الذي دخل في مواجهة مسلحة دامية مع نظام الحكم في بلده، كما أنهم رغم العداء الكبير الذي يعلنونه لحزب البعث الحاكم في سوريا، لكنهم يتحالفون تحالفاً وثيقاً مع حزب البعث الحاكم في العراق، رغم أن الحزبين يعودان إلى مؤسس واحد هو (ميشيل عفلق) كذلك يعتبر تنظيم الإخوان السوريين هو أكثر تنظيمات الإخوان تعرضاً للانشقاقات، حيث حدث الانشقاق الأول فيه في بداية الخمسينات، أما الانشقاق الكبير الأخير فقد وقع قبل سنوات، وقد قام به المراقب العام الأسبق للجماعة عدنان سعد الدين.
أما من جانب الحكومة السورية فرغم عدائها الكبير للإخوان السوريين، وإصدارها قانونا يقضي بالإعدام على كل من ينتمي إلى جماعة الإخوان المسلمين في سوريا، فإنها في نفس الوقت تحتضن على أرضها جماعات إخوانية على رأسها حركة حماس ، وتتمتع بعلاقات وثيقة مع الجماعات الإسلامية في لبنان التي تمثل الامتداد الطبيعي للإخوان المسلمين، كما توجد علاقات لا بأس بها بين الحكومة السورية والإخوان المسلمين في الأردن.